Varios otros métodos en el estudio arqueológico tienen sus limitaciones:

Si bien los medidores de resistividad son livianos y baratos, a menudo no determinan la profundidad ni crean perfiles verticales con la misma precisión que otras técnicas. Las investigaciones más profundas requieren cables más largos, y colocar el cable correctamente y mantener los cables limpios y sin interferencias puede llevar mucho tiempo. A menudo, los resultados son ambiguos con resoluciones groseras. Por último, la presencia de tuberías, cables y otras estructuras puede complicar aún más su interpretación.

Los magnetómetros responden a los niveles de hierro y acero en los materiales y dependen en gran medida de la masa de los objetos para una detección suficiente. Desafortunadamente, las altas concentraciones de materiales magnéticos pueden interrumpir la detección de anomalías más sutiles que pueden ser de mayor interés para el arqueólogo. GPR no tiene este problema.